İnce ve esnek bir boru ile anüsten girilerek bütün kalın bağırsağın ve ince bağırsakların son 10-15 cmlik kısmının görüntülenmesi prosedürüdür. Süreçten evvel bağırsakların ağızdan alınan ilaçlarla temizlenmesi gerekir. Rektosigmoidoskopide ise kalın bağırsağın anüse yakın kısmının ( son 20-25 cm. )incelemesi yapılır.
Kolonoskopi kalınbarsak hastalıklarının teşhisinde en muteber formül olduğu üzere, polip ve gibisi kanser öncesi lezyonların ameliyata gerek kalmadan alınmasını sağlayarak hastaları kanserden korumaktadır.
Makattan kan gelen yahut dışkıda bilinmeyen kan bulunan 40 yaş üzeri bireylerde, kansızlığı olan menapozdaki bayanlarda, 50 yaşını aşmış herkese kolon kanseri ve kolon polibi araştırılması hedefiyle kolonoskopi yapılması önerilmektedir.
Birinci dereceden akrabalarında kolon kanseri olanların ise, akrabalarında çıktığı yaştan 10 yıl evvel başlayarak kolonoskopi yaptırmaları gerekir. Kolon kanserlerinin büyük çoğunluğu polip denen âlâ huylu tümörlerin üzerinde gelişir. Tarama maksatlı yapılan kolonoskopi, kanser gelişmeden evvelki basamakta poliplerin bulunup alınmasını sağlar. Bu sayede kolonoskopi, hastaları hem kanserden hem de ameliyattan kurtarır.
Kalınbarsağından polip alınan hastalarda, polibin cinsine nazaran, 1 ile 3 yılda bir takip kolonoskopiler yapılması gerekir.